医院最早成立的内科科室之一，具有悠久的历史和深厚的学术积淀。现为卫健委脾胃病重点专科，国家中医药管理局脾胃病重点专科、重点学科及脾虚重点研究室，北京市中医脾胃病研究所，同时为脾胃病专科区域诊疗中心、胃癌前病变中西医临床协作平台、及脾胃病重点专科协作组组长单位，同时为中华中医药学会脾胃病分会、中国医师协会中西医结合医师分会消化专家委员会、中国中药协会消化药物研究委员会挂靠单位，中国中医科学院、北京大学、北京中医药大学中医、中西医结合硕士、博士研究生培养基地和博士后流动站专业基地。
脾胃科人才梯队健全，有一支高素质的专科人才团队，现有医生19名，高级职称14人，学科带头人为国际欧亚院士、岐*学者唐旭东教授，科室负责人为王凤云主任医师，王萍、蔡毅东主任医师为科室副主任及内镜中心主任。科室设有病房、门诊、内镜中心、胃肠动力室、消化实验室等，设备先进，技术全面，目前拥有病床数32张，年均门诊量11万人次以上。科室重视中医理论的传承，结合现代技术不断创新，突出中医药治疗特色，以慢性胃炎及其癌前病变、胃食管反流病/反流性食管炎、溃疡性结肠炎、肠易激综合征、急慢性胰腺炎等消化难治病为优势病种，结合中药膏摩、耳穴、泡脚等多种中医非药物治疗，临床疗效显著，广受患者好评。
科研方面，以名老中医经验传承、优势病种疗效评价研究、诊疗方案规范化与标准化、中药复方疗效机制、院内制剂与中药新药研发为重点内容，先后承担国家重点研究计划“”计划、国家重点研究计划、国家十一五、十二五、十三五科技支撑计划、国家重大新药创制项目、国家中医药管理局行业科研专项、国家自然基金重点及面上项目、北京市十病十药等课题50余项，发表学术论文余篇，其中SCI收录32篇、入选F篇，国家发明专利和实用新型专利2项、软件著作权2项，获中华中医药学会科技进步一等奖及中国中西医结合学会科技进步一等奖3项、北京市科技进步奖及其他奖项5项。研发了国内第一个治疗非糜烂性反流病的复方中成药通降颗粒，年起作为院内制剂使用，年以万完成技术转让。研发的肠安I号治疗腹泻型肠易激综合征的复方中药制剂，年以万完成技术转让，胃舒胶囊、固肠胶囊、健胃定痛胶囊等多个有效院内制剂研制，提高了消化系统常见难治病的疗效，发挥了中医药的特色和优势，提高了消化系难治病的研究水平。主持制定国家食药总局临床技术指导原则3项、中药临床研究质控系列标准12项、国家中医药管理局医*司行业标准18项、中华中医药学会消化系统常见疾病中医诊疗指南16项、世界中联消化病专业委员会指南16项、中华中医药学会脾胃病分会专家共识2项、中国中西医结合学会消化病专业委员会专家共识3项，在全国及行业内具有较高的学术地位和影响力。